研究描述了初始基线健康肠道微生物组数据库和丰度概况
2019-11-06 09:36:18
lee
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在这项研究中，所有微生物组分类单元的系统发育组成的堆叠条形图在粪便样品的系统水平上崩溃了。绿色的条形代表Firmicutes，蓝色的条形代表细菌（Bacteroidetes），这两个细菌家族最多。出于美学目的，根据样品中的拟杆菌和硬毛菌组成对样品（n = 98，底部）进行了分类，以证明如何将本研究的基线肠道微生物组结果与过去的研究结果结合使用。图片来源：King等，2019
尽管人们对人类肠道微生物组对整体健康的重要性的研究兴趣持续增长，但目前尚无研究人员和患者可获得的全面肠道微生物组参考清单。在这项研究中，King及其同事开始对健康的人类肠道微生物组的有机组成奥立龙ORION进行分类，并为临床医生开发了原型报告模板，以将结果传递给患者。
为了编译他们的数据库，作者使用从人类微生物组计划从筛查为“健康”的人那里下载的50份粪便宏基因组学样本，对从华盛顿特区乔治华盛顿大学校园招募的16名健康参与者的48份粪便样本进行了基因测序。
使用新颖的基于软件的工作流程解析所有样本的基因组和宏基因组序列后，King及其同事使用NCBI全面且公开可用的遗传信息，在所有样本GutFeelingKB中建立了已确认微生物及其相对丰度的初始数据库。描述的生物。
GutFeelingKB描述了60个不同属中的157种生物（155种细菌和2种古细菌）。代表的最大细菌门系是Firmicutes（清单上所有生物的40％），依次由20％的梭状芽胞杆菌，19％的拟杆菌，17％的双歧杆菌，14％的肠杆菌和14％的乳杆菌细菌组成。酸奶和其他益生菌食品中也发现细菌。作者还指出，所有样本共有84种生物，这可能表明它们可能是人类肠道的核心物种。
该研究仅招募了十六名参与者，这是一个很小的样本。但是，尽管进一步的研究可能会继续发现世界各地健康肠道中存在的其他生物，但GutFeelingKB是重要的第一步。该数据库可以作为样本比较分析和未来患者微生物组治疗方法开发的起点。
作者补充说：